L’Église catholique tient un rôle central dans l’histoire du Québec depuis ses origines. Au temps de la Nouvelle-France (1600-1760), elle manifeste beaucoup d’intérêt pour les Amérindiens. Pendant que les Français tirent profit des connaissances des autochtones et commercent avec eux, les missionnaires, jésuites surtout, veulent les convertir au christianisme. Publiées chaque année de 1632 à 1673, leurs Relations constituent un témoignage ethnographique unique.
Les Jésuites ouvrent un collège à Québec, tandis que les Ursulines, arrivées en 1639 et dirigées par Marie de l’Incarnation (Marie Guyart), s’occupent de l’éducation des filles. À Montréal, Marguerite Bourgeoys fonde, en 1653, la congrégation de Notre-Dame, autre importante communauté enseignante. Quelques années plus tard arrivent les Sulpiciens (1657), qui seront les seigneurs de l’île jusqu’à l’abolition du régime seigneurial en 1854. Le soin des malades et des pauvres est dévolu à des religieuses qui dirigent, à Québec et à Montréal, un hôtel-Dieu et un hôpital général.
L’Église consolide ses assises avec la création de l’évêché de Québec en 1674. Les deux premiers évêques, Mgr de Laval (1658-1688) et Mgr de Saint-Vallier (1689-1727), y laissent leur marque, le premier en fondant un séminaire, le second en publiant un Catéchisme et un Rituel. En Nouvelle-France comme partout sous l’Ancien Régime, l’éducation, la santé et l’assistance publique relèvent de la responsabilité des Églises. Il en sera de même au Québec jusque dans les années 1960.
Si le 17e siècle est un siècle de ferveur religieuse, le 18e est marqué par la tiédeur. La conquête de la Nouvelle-France par des Anglais protestants, en 1760, rend précaire la situation de l’Église catholique. Un évêché anglican est établi à Québec, dont le premier titulaire est Jacob Mountain (1793-1825).
La condamnation du soulèvement des Patriotes par l’évêque de Montréal, Mgr Lartigue, en 1837, laisse des marques profondes dans la conscience collective. Dans ce contexte, le réveil ou renouveau religieux de 1840 constitue un tournant important. Entre 1840 et 1960, l’Église catholique occupe une place de tout premier plan dans la société québécoise, au point où le catholicisme devient un élément essentiel de la nationalité canadienne-française.
Les diocèses se multiplient, de même que les collèges classiques, pépinières de vocations sacerdotales. À Montréal, l’action d’un Mgr Bourget (1840-1876) est prodigieuse. Ultramontain, il soutient le pouvoir temporel du pape, envoie des zouaves pontificaux pour défendre les États de l’Église pendant la guerre menée par les partisans de l’unification de l’Italie, pourfend les libéraux, fonde des congrégations féminines (Sœurs de la Providence, Sœurs des Saints Noms de Jésus et de Marie, entre autres), encourage les manifestations extérieures de la foi et lutte contre l’intempérance.
Au début du 20e siècle, œuvres et associations se multiplient, encadrant la population : associations pieuses (Ligue du Sacré-Cœur pour les hommes, Dames de Sainte-Anne pour les femmes, Enfants de Marie pour les jeunes filles). Action catholique spécialisée, à partir des années 1930, des ouvriers – Jeunesse ouvrière catholique (JOC) et Jeunesse ouvrière catholique féminine (JOCF) – des étudiants – Jeunesse étudiante catholique (JEC) et Jeunesse étudiante catholique féminine JECF), des milieux agricoles – Jeunesse agricole catholique (JAC) – des couples – Ligue ouvrière catholique (LOC) – mais aussi de la presse et des syndicats catholiques. Le signe de la croix est omniprésent; croix monumentales et croix de chemin marquent le paysage. Trois lieux de pèlerinage prennent un essor considérable : Sainte-Anne-de-Beaupré, Notre-Dame-du-Cap (près de Trois-Rivières) et l’Oratoire Saint-Joseph du Mont-Royal, fondé en 1904 par un thaumaturge, le frère André.
La religion fait partie intégrante de la vie quotidienne. Tous les enfants apprennent le petit catéchisme et font leur première communion. Mariages et funérailles ont lieu à l’église, sans oublier les baptêmes. La crainte de l’enfer et des péchés mortels rivalise avec une vie chrétienne fondée sur la fréquentation des sacrements, notamment la communion fréquente. Les dévotions se répandent : le cardinal Paul-Émile Léger, archevêque de Montréal de 1950 à 1967, récite chaque soir le chapelet en famille à la radio; plusieurs respectent les coutumes du premier vendredi du mois. La forte pénétration de la religion se manifeste aussi par le recours au sacre, fort répandu, qui vient la contester.
Le mouvement missionnaire connaît une expansion considérable entre les deux guerres, et les Sœurs missionnaires de l’Immaculée-Conception, autre fondation montréalaise, propagent l’Œuvre de la Sainte-Enfance, mieux connue par le rachat symbolique des petits Chinois. Les grandes manifestations religieuses proclament les triomphes du catholicisme et atteignent un sommet avec le Congrès eucharistique international de Montréal en 1910.
Tout au long de l’histoire, les Églises ont occupé une place fondamentale dans le développement de l’art religieux. Cette assertion se confirme au Québec, tant dans le domaine de l’architecture (Jean-Baptiste Maillou, Jérôme Demers, Victor Bourgeau, dom Paul Bellot) que dans ceux de la sculpture et de l’orfèvrerie (François Ranvoyzé, les Levasseur, les Baillairgé, Louis-Philippe Hébert, Louis Jobin) ou de la peinture (frère Luc, Joseph Légaré, Théophile Hamel, Antoine Plamondon, Ozias Leduc). Les facteurs d’orgues Casavant, établis à Saint-Hyacinthe en 1879, atteignent un rayonnement international.
La Révolution tranquille et le concile Vatican II amènent des transformations considérables dans l’Église catholique. Les renouveaux biblique, liturgique, pastoral et œcuménique changent les mentalités. La sécularisation s’accélère, notamment avec la prise en charge complète par l’État de l’éducation (ministère créé en 1964), de la santé et de l’assistance publique. Les vocations se tarissent, la pratique religieuse devient minoritaire.
Quant aux autres confessions religieuses, les protestants se multiplient surtout au 19e siècle : la plupart des Britanniques et des Américains sont anglicans, presbytériens, méthodistes ou baptistes. Les méthodistes, les presbytériens et les congrégationalistes forment, en 1925, l’Église unie du Canada. Les juifs immigrent surtout au début du 20e siècle, en provenance principalement de l’Europe de l’Est. Les orthodoxes deviennent nombreux à Montréal avec l’immigration grecque après la Deuxième Guerre mondiale. Les bouddhistes se répandent également à Montréal avec l’arrivée des Chinois. De même, la religion musulmane prend de l’expansion avec l’immigration des Arabes, surtout après 1970. Enfin, au recensement de 2001, quelque 413 000 personnes déclarent n’avoir aucune appartenance religieuse, soit 6 % de la population, proportion qui va croissant.