La configuration actuelle du système de santé québécois a pris forme, pour l’essentiel, au cours des années 1960 et 1970. Lors des décennies antérieures, il revenait aux patients de défrayer les services des médecins et des hôpitaux, directement ou à l’aide d’assurances privées. Depuis 1921, le gouvernement du Québec soutenait financièrement les établissements hébergeant des indigents. Les grands hôpitaux appartenaient en général à des congrégations religieuses chez les francophones et à des organismes philanthropiques chez les anglophones. Au cours des années 1950, les déficits récurrents et croissants des hôpitaux, les difficultés d’accès aux soins pour une partie de la population et le mécontentement au sein d’un personnel laïc tenu à l’écart des postes de direction allaient appeler à un remodelage du système de santé. Les réformes qui s’ensuivent dans le domaine de la santé et des services sociaux constituent l’un des principaux volets de la Révolution tranquille (voir aussi l’article Révolution tranquille).
Un premier pas est fait en 1961 avec l’adhésion du Québec à un programme public d’assurance hospitalisation proposé par le gouvernement fédéral depuis 1957, par lequel tous les citoyens accéderont gratuitement aux soins hospitaliers. Dans les années suivantes, d’autres mesures ont pour effet de laïciser la gestion là où régnaient les congrégations. Une commission d'enquête (Castonguay-Nepveu) est mandatée pour concevoir un nouveau système de santé et de services sociaux. Ses travaux, échelonnés de 1966 à 1972, débouchent sur un vaste ensemble de recommandations, dont la prise en charge des services sanitaires et sociaux par l’État, seul acteur jugé apte à en assurer un développement et une coordination adéquats. S’ensuit la mise en place d’un imposant appareil d’État alors que les organismes gouvernementaux responsables des affaires sociales et sanitaires connaissent une expansion rapide. La Régie de l’assurance maladie du Québec (RAMQ), créée en 1969, administrera le régime universel d'assurance maladie institué l’année suivante et qui couvre la majeure partie des soins de santé auxquels recourent les Québécois. Une loi cadre sanctionnée en 1971, la Loi sur les services de santé et les services sociaux, pourvoit à l’organisation générale des services. Maintes fois remaniée, elle est toujours en vigueur aujourd’hui, accompagnée d’une série de lois spécifiques à divers programmes. Une vague d’acquisitions d’hôpitaux par le gouvernement du Québec survient dans la décennie 1970, et les petits hôpitaux privés à but lucratif disparaissent. Bref, un système de santé essentiellement public se substitue à un système où avaient cohabité les forces du marché, la charité privée et l’aide financière du gouvernement.
Dans le domaine de l’hygiène publique, la rupture est moins marquée, puisque déjà les acteurs privés y jouaient un rôle de second plan. Les réformes envisagées n’en sont pas moins ambitieuses. Il s’agit notamment de favoriser une prise en charge de leur santé par les populations locales, dans les perspectives de la santé communautaire. Les unités sanitaires antérieurement responsables de l’hygiène publique sur la majeure part du territoire de même que le Service de santé de la ville de Montréal sont éliminés. De nouveaux organismes sont créés, dont les centres locaux de services communautaires (CLSC), qui reprennent certaines des tâches des unités sanitaires et en ajoutent de nouvelles. En principe, les CLSC doivent jouer le rôle de porte d’entrée dans le système de santé, ce à quoi ils parviendront à peine. En effet, les cliniques externes privées se multiplient à partir des années 1970 et les urgences des hôpitaux verront affluer les personnes en quête de soins. Parallèlement se développent de nombreux organismes communautaires privés sans but lucratif, financés pour une bonne part par le gouvernement et qui prendront en charge divers besoins non comblés autrement.
Depuis la mise en place de ce système de santé, les remises en question se sont succédé, motivées en partie par les hausses de coûts. Certaines ont mené à des transformations, sans jamais toutefois que la structure générale du système soit sérieusement menacée. De nouveaux rapports d’enquête ou d’étude ont été commandés : celui de la Commission Rochon, soumis fin 1987, de la Commission Clair, déposé début 2001, et le rapport Ménard, en 2005. Une restructuration dans les années 1990 a mené à de nombreuses fusions d’établissements et à un délestage de personnel. La négociation du « virage ambulatoire » a diminué le recours à l’hospitalisation et accru celui aux services à domicile. Diverses mesures ont été prises en vue de restreindre l’achalandage des urgences et d’écourter les attentes pour certains traitements. Il faut noter le recours à l’hôpital privé à but lucratif pour quelques types de traitements. Globalement, les autorités sanitaires cherchent des moyens de contrôler les coûts des services, alors que le vieillissement de la population annonce d’autres hausses des dépenses. Un programme visant à améliorer l’accès de tous les Québécois aux soins a tout de même été adopté en 1997, avec l’établissement d’un système d’assurance médicaments en vertu duquel les citoyens non couverts par une assurance privée le sont par une assurance publique. D’autres actions ont visé à corriger la distribution chroniquement insatisfaisante des médecins sur le territoire québécois de même qu’une pénurie de certains personnels spécialisés.
En marge du système public de santé, une constellation de services parallèles se sont constitués, qui peuvent être regroupés sous l’appellation de médecines alternatives. La liste en est longue. Les Québécois sont nombreux à consulter l’un ou l’autre des praticiens de ces médecines. Ils sont nombreux également à payer pour des services non couverts par l'assurance publique.
Les problèmes que rencontre l’organisation des services, largement discutés dans les médias, sont bien connus de la population. Celle-ci, tout en décriant les défaillances du système de santé québécois, s’y montre fortement attachée. Et malgré toutes les remises en question, deux grands acquis des années 1960-1970 demeurent des priorités des gouvernements, soit l’accès universel et gratuit des citoyens à des services de qualité. Il revient au ministère de la Santé et des Services sociaux d’y pourvoir à l’aide de fonds puisés dans les revenus de la province, comportant des versements issus du gouvernement fédéral.